Probiotiques : quels sont les dangers ?

Les probiotiques sont des micro-organismes vivants qui nous promettent d’améliorer la composition de notre microbiote et de booster notre immunité. Mais y a-t-il des effets secondaires ou des dangers associés à leur consommation ? 

Les probiotiques contiennent généralement des bactéries qui ont l’habitude de vivre dans l’intestin humain. De premier abord, elles apparaissent inoffensives. Souvent qualifiées de « bonnes bactéries », elles sont présentées comme étant sans danger pour la population générale. 

Tout d’abord, quelques règles simples à connaître :

1. Si vous consommez des boissons fermentées aux probiotiques, veillez à respecter les dates de préemption. La durée de vie de ces produits est souvent courte. De manière générale, les probiotiques se conservent à des températures basses; à l’exception des bacillus qui résistent à la chaleur. Placez-les au réfrigérateur.
2. Les probiotiques provoquent parfois des troubles gastro-intestinaux mineurs et de l’inconfort intestinal : des gaz, des ballonnements, de la constipation, des diarrhées, une perturbation du goût… Si ces effets secondaires ne disparaissent pas très rapidement, c’est que le produit ne vous convient pas. Chaque flore intestinale peut réagir différemment à ces produits.
3. Certaines études ont trouvé que les probiotiques pouvaient aggraver des problèmes légers de peau chez des patients : rougeurs, acné… Si cela perdure, arrêtez le produit.

Si ces effets secondaires apparaissent comme peu graves, des articles médicaux ont recensé des problèmes bien plus préoccupants dans certains cas.

Des infections graves liées à des souches probiotiques

En 2015, deux chercheurs du Tufts Medical Center de Boston ont fait le point sur les effets secondaires des probiotiques. La prise de probiotiques a été associée à des infections systémiques : des fongémies (liées à un champignon microscopique) et des bactériémies (liées à une bactérie).

Tout d’abord, il existe des cas d’infections systémiques après des traitements utilisant la levure Saccharomyces boulardii (qu’on retrouve dans le produit ULTRA-LEVURE). Ce probiotique est souvent utilisé en traitement ou en prévention de la diarrhée due à Clostridium difficile. 

Le fait que les patients soient immunodéprimés, qu’ils aient un accès veineux central (cathéter) ou qu’ils aient pris Saccharomyces boulardii prédispose à cette infection. Saccharomyces boulardii présente donc des risques pour les patients gravement malades sous cathéter à l’hôpital.

Ensuite, des bactériémies dues à des lactobacilles ont été décrites, par exemple avec des souches Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus casei, et Lactobacillus GG. Ces infections sont rares et peuvent avoir lieu en soins intensifs, en milieu hospitalier, à cause de cathéters. C’est pourquoi il est fortement recommandé aux personnels de santé de changer de gants après avoir touché des capsules de probiotiques et avant de manipuler le cathéter d’un patient.

A titre d’exemple, des cas graves de bactériémie après une prise de probiotique ont été décrits chez un patient immunodéprimé ou chez un jeune enfant qui a reçu des probiotiques par une sonde. Mais dans la plupart des cas de bactériémies à Lactobacillus, il existait déjà une maladie sous-jacente chez le patient, avec un mauvais pronostic, comme une chirurgie récente, une greffe, une immunodéficience, un diabète ou un cancer.

Des cas d’endocardites infectieuses liées à la prise de probiotiques ont aussi été décrits, par exemple au CHU de Grenoble en 2012, chez un patient de 77 ans qui prenait des probiotiques. Cet homme avait de nombreux antécédents médicaux : cancer de la prostate en rémission, chirurgie de la hanche, insuffisance cardiaque, hypertension… Le patient a eu des frissons un mois après une coloscopie. Il avait une endocardite infectieuse et souffrait de sa prothèse de hanche qui était elle aussi infectée. Dans leur conclusion, les auteurs suggèrent que les probiotiques devraient être arrêtés avant une chirurgie digestive ou une coloscopie. 

Les risques des probiotiques chez certaines populations

Les populations les plus à risque de complications sont les enfants nés prématurés, les personnes âgées, les patients hospitalisés ou immunodéprimées. Chez une personne immunodéprimée, les probiotiques peuvent tirer avantage de la faiblesse immunitaire du patient et devenir des souches opportunistes, responsables d’infections (voir plus haut avec les infections systémiques). Les probiotiques sont donc déconseillés si vous avez une déficience immunitaire grave. Cela est rare car même en cas de VIH, les probiotiques restent bénéfiques et soutiennent l’immunité.

Par ailleurs, des effets secondaires graves ont pu être observés chez des patients souffrant de pancréatite sévère, dans une étude néerlandaise parue en 2008 dans The Lancet. Les auteurs voulaient savoir si l’administration de probiotiques pourrait prévenir des complications infectieuses chez ces patients.

Malheureusement, les probiotiques ont augmenté le risque de mortalité des patients par rapport au placebo ! Il ne faut donc pas en donner aux patients qui ont une pancréatite aiguë. Il est possible que les probiotiques aient accru la réaction inflammatoire de l’intestin et augmenté la demande en oxygène de la muqueuse intestinale.

Un risque de transfert de gènes de résistance aux antibiotiques ?

La résistance aux antibiotiques est devenue un problème majeur de santé publique. Ces résistances peuvent se transmettre entre bactéries grâce à des petits cercles d’ADN appelés plasmides. Ces échanges de gènes ont lieu aussi bien dans des cultures cellulaires que dans l’intestin.

Les bactéries lactiques, comme de nombreuses autres bactéries, ont dans leur cytoplasme des plasmides. Et certaines bactéries lactiques possèdent des gènes de résistance aux antibiotiques. Selon certains chercheurs, il pourrait donc exister un risque potentiel que des probiotiques transmettent des gènes de résistance aux bactéries intestinales et à des pathogènes.

Pour En 2017, une étude a analysé 33 souches de lactobacilles provenant de laits fermentés récoltés dans plusieurs régions chinoises. 19 étaient résistantes à la vancomycine, 10 à la ciproflaxine et une à la tétracycline. Mais dans leurs expériences, les chercheurs n’ont pas pu démontrer que les bactéries pouvaient transmettre des gènes de résistance aux antibiotiques à d’autres bactéries.

Ce risque semble donc très théorique et n’a jamais pu être observé à ce jour.

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Références :

1. Doron et Snydman. Risk and Safety of Probiotics. Clin Infect Dis. 2015.
2. Graf et Sarasin. Probiotiques : efficacité et dangerosité. Revue médicale suisse. 2007.
3. Munoz et al. Saccharomyces Cerevisiae Fungemia: An Emerging Infectious Disease. Clin Infect Dis. 2005.
4. Ledoux et al. Lactobacillus acidophilus bacteraemia after use of a probiotic in a patient with AIDS and Hodgkin’s disease. Int J STD AIDS. 2006.
5. Sotoudegan et al. Reappraisal of Probiotics’ Safety in Human. Food Chem Toxicol. 2019.
6. Franco et al. Endocardite à Lactobacillus paracaseï chez un consommateur de probiotiques. Médecine et maladies infectieuses. 2013.
7. Kothari et al. Probiotic supplements might not be universally-effective and safe: A review. Biomedicine & Pharmacotherapy. 2019.
8. Sincholle. Le nouveau guide des probiotiques. Editions Thierry Souccar. 2018.
9. Besselink et al. Probiotic Prophylaxis in Predicted Severe Acute Pancreatitis: A Randomised, Double-Blind, Placebo-Controlled Trial. Lancet. 2008.
10. Guo et al. Characterization of Antibiotic Resistance Genes From Lactobacillus Isolated From Traditional Dairy Products. J Food Sci. 2017.
11. Imperial et Ibana. Addressing the Antibiotic Resistance Problem with Probiotics: Reducing the Risk of Its Double-Edged Sword Effect. Front Microbiol. 2016.